Das Synchronisieren der Schlüssel über Gerätegrenzen hinweg wird explizit gefördert. Dabei verlässt FIDO sich auf die Sicherheitskonzepte der zugrundeliegenden Betriebssysteme etwa von Google, Apple oder Microsoft, die ja schon heute teilweise Passwörter über die Cloud synchronisieren. In einem Kontext mit hohen Sicherheitsanforderungen kann etwa ein Dienstanbieter jedoch nach wie vor die Nutzung einzigartiger, gerätespezifischer FIDO-Schlüssel erzwingen.